Diğer taraftan anaerobik egzersizler vücudun enerji ihtiyacını solunumdan karşılayan ve vücudu oksijensiz çalışmaya zorlayan egzersizlerdir. Oluşan bu oksijen eksikliği nedeniyle bu egzersizler sadece kısa süreli yapılabilir. Bu egzersizlere örnek olarak ağırlık kaldırma, kendini çekme, itme, sürat koşusu verebiliriz.

Aerobik ve anaerobik egzersizler arasında bir karşılaştırma yapılacaksa tek fark oksijen değildir. Aerobik egzersizler basit olsa da orta şiddette ve uzun süre yapılırlar ( ortalama 20 dakika), anaerobik egzersizler ise kısa süreli (2-3 dakika) yapılan yoğun şiddette egzersizlerdir. Aerobik egzersizler daha uzun süreli yapıldıklarından daha yüksek dayanıklılık seviyeleri gerektirirler. Her iki egzersizde de enerji sağlamak için glikozdan pirüvat üretimi yani glikoliz kullanılır buna rağmen glikozun yıkımını sağlayan maddeler farklıdır. Aerobik egzersizlerde glikozu yıkmak için oksijen kullanılırken, anaerobik egzersizlerde glikozu yıkmak için fosfokreatin kullanılır.

Aerobik egzersizler kanda ve vücutta oksijenin dolaşımını hızlandırırlar. Kan basıncının azalmasını sağlarlar ve yağ yıkımını hızlandırırlar. Diğer taraftan, anaerobik egzersizler güç ve kas kütlesi geliştirmeye yardımcı olur. Bunlar gücü, hızı, ve vücudun metabolik hızını artırmaya yardımcı olurlar. Aerobik egzersizlerin en büyük dezavantajı ise bir bireyin vücut kütlesini ve gücünü azaltma eğiliminde olmalarıdır.